Yüksek Öğretim (et-Ta'lîm el-Âlî), Liseyi bitiren öğrencilere yönelik olarak Yüksek Öğretim Bakanlığınca yapılan merkezi sınavla yapılan yerleştirmeye göre uygulanmaktadır. Halihazırda Mısır'da Devlet Üniversitesi sayısı 2 Akademi Üniversitesiyle birlikte toplam 31'dur. 11 Askerî Akademi, 13 Vakıf Üniversitesi, 27 Özel Üniversite ve Özel Statüde 1 Üniversite olmak üzere toplam 83 Üniversite bulunmaktadır. Bu üniversiteler içerisinde Kahire Amerikan Üniversitesi, Ayn Şems Üniversitesi, Mansoura Üniversitesi ve İskenderiye Üniversitesi uluslararası derecelendirme kapsamında başarılı olan öncü kurumlar olarak dikkati çekmektedir.
Yüksek Öğretim, 2021-22 Eğitim-Öğretim yılından itibaren kademeli olarak Kredili Sisteme geçiş sürecindedir. Sistem yıllık ve dönemlik olarak değil alınan ders kredilerine bağlı olarak tanımlanmış durumdadır. Ancak bu genel uygulama, Eczacılık, Diş Hekimliği ve Tıp alanları için 5 yıldan az olmama koşuluna bağlanarak istisna edilmiştir. Eğitim-Öğretim Sonbahar (14-16 Hafta), Bahar (14-16 Hafta) ve Yaz (8 Hafta) olmak üzere 3 Dönemlik bir planlamaya göre yapılmaktadır.
